IC反应器运行主要的控制参数有PH值、温度、预酸化度、有毒物质、容积负荷率、上升流速、污泥菌种的成分。
PH值：
反应器进水PH值要求控制在6.5~8.0之间，过低或过高的PH值都会对工艺造成巨大的影响，其影响主要体现在对厌氧菌（主要是产甲烷菌）的方面，包括：
- ①影响菌体及酶系统的生理功能和活性
- ②影响环境的氧化还原电位
- ③影响基质的活性。产甲烷菌的这些性质功能遭到破坏后，处理 COD 的活性就会大大的降低。
温度：
反应器进水温度要求控制在35.5~37.5℃之间，因为产甲烷菌大多数都属于中温菌，在这个范围内，其处理效率是很高的。温度高于 40℃时，处理效率会急剧下降；最好也不要低于35℃，温度过低，处理效率也会下降很多。
预酸化度：
废水进入厌氧反应器之前要保持足够的预酸化度，一般在30%~50%之间，最好是在40%左右。预酸化度高的情况下，VFA高，进水PH值会降低，为调解PH值，会增高污水处理的运行费用，同时还会影响污泥的颗粒化。
有毒物质：
对厌氧颗粒污泥有抑制性作用的有毒物质主要是H2S和亚硫酸盐。H2S的允许浓度为小于150㎎/L，否则可能会使大部分产甲烷菌降低50%的活性，亚硫酸盐的允许浓度是小于150ppm，否则将会导致一半的产甲烷菌失去活性。所以一定要严格控制这两样有毒物质的含量，对其进行定期的检测。
容积负荷率：
厌氧反应器具有很高的容积负荷率，操作手册上为16~24㎏COD/m3/d,而一些学者认为其容积负荷率还可以更高可达30~40㎏COD/m3/d,但是这个数值的短期内变化幅度最好不要过大,就是说要让厌氧菌有一定的适应时间,逐步增加或降低负荷。如果条件可以,尽量使其负荷率在一个范围之间,趋于稳定的状态。
上升流速:
IC 反应器的上升流速一般在 4~10m/h, 当污水的进水 COD 值浓度较低时，需要提高流量来增加 COD 的负荷率，较高的上升流速会有助于颗粒污泥与有机物之间的传质过程，避免了混合不均匀对设备的影响。
污泥菌种的成分:
厌氧污泥中具有处理污染物能力的就是细菌等有机物质，菌群的组成及菌种的成分决定了其颗粒强度、产甲烷活性及对污水的适应能力。一般来说，污泥中有机物的成分占70%左右，污泥外部菌种主要为丝菌，污泥内部主要为杆菌、球菌等。
其他因素:
IC反应器的运行控制条件还有很多，如进水COD浓度，污泥颗粒化程度等等，工艺正常运行，每个工艺条件都是不可缺少的，因为各个条件之间是环环相扣的的关系，一个参数出了问题，所有的问题就都会显现出来。为了避免问题的出现，就应该及时监测、化验、分析，发现异常现象，立即采取措施进行处理，防止更多问题的出现。
